Die Reformation führte letztendlich zur Aufhebung des Klosters im 16. Jahrhundert und die letzten Chorherren mussten es verlassen. Im Dreißigjährigen Krieg wurde es von kaiserlichen und schwedischen Truppen verwüstet und 1680 wurde es zur kurbrandenburgische Staatsdomäne. Im Jahre 1685 wurden auf Anordnung des Großen Kurfürsten die Kriegsschäden beseitigt. Der Westflügel wurde so zum Wohn- und Verwaltungsgebäude des Amtsmanns von Jerichow. Daher auch die Bezeichnung Amtshaus. Hier war auch eine Gerichtsstube untergebracht. Zugang war ein 1836 errichteter Treppenaufgang und ein später dazu gekommener Holzvorbau.
Fünf Jahre darauf ließ Kurfürst Friedrich Wilhelm von Brandenburg die in ihrem Inneren schlichte Kirche wieder instandsetzen. Der Architekt und Kunsthistoriker Ferdinand von Quast (*23.06.1807 in Radensleben, †11.03.1877 ebenda) leitete in den Jahren 1853 bis 1857 die Umbau- und Sanierungsarbeiten. Sie umfassten den Einbau der Empore und den Bau der Brüstungsmauer am westlichen Zugang zur Krypta. Ebenso ließ er die gusseisernen Fenster neu setzen. Weitere 200 Jahre dauerte es, bis erneute Reparaturarbeiten erfolgten.